În perioada de război, mii de evrei au fost deportați în Transnistria, un teritoriu aflat sub administrarea română, transformat într-un vast lagăr de exterminare. Această acțiune a reprezentat varianta românească a planului naziștilor de eliminare a populației evreiești. Cei care au supraviețuit drumului extrem de dur din vagoane de animale au fost supuși unui regim de muncă obligatorie, fiind utilizați pentru refacerea economiei distruse de conflictul armat.
Ideile antisemite au fost promovate mult înainte de ascensiunea lui Ion Antonescu de către intelectuali precum Octavian Goga, Nichifor Crainic sau A.C. Cuza. Totuși, Mareșalul a legiferat aceste viziuni, propunând substituirea treptată a evreilor cu români și legionari. Ion Antonescu a declarat că bunurile acestora vor fi expropriate și că evreii nu vor putea fi beneficiarii resurselor țării. El a împărțit populația în categorii de „utili” și „neutili” pentru economia națională.
Procesul de deportare a început prin evacuarea evreilor din mediul rural și jefuirea proprietăților acestora de către Poliția Legionară. Încă din anul 1940, aproximativ 10.000 de evrei din provincie au devenit refugiați. În București, rebeliunea legionară din ianuarie 1941 a dus la incendierea caselor și la torturarea a mii de persoane. Un moment critic a fost pogromul din Iași, în care mulți civili au fost uciși sau transportați în vagoane de carbid, unde doar 1.011 persoane au ajuns vii la Călărași.
Transnistria a devenit destinația finală pentru purificarea etnică a Basarabiei și Bucovinei. Ion Antonescu a ordonat migrarea forțată, declarând că nu există lege și că poate folosi orice metodă, inclusiv armata, pentru a realiza acest scop. Evreii erau adunați la primării, li se confiscau bunurile și erau împușiți în vagoane de animale, cu 50-70 de persoane per compartiment. Mulți au murit pe drum sau s-au înecat la trecerea pe podurile plutitoare de pe Nistru.
Condițiile de viață în ghetourile din Transnistria au fost de o cruzime inimaginabilă, lipsind medicamentele și igiena de bază. În lagărul de la Moghilev, se raportau scene de coșmar cu 3.000 de copii bolnavi care așteptau moartea pe scânduri. Populația deportată era obligată să muncească în agricultură sau la reparații de drumuri în schimbul unor bonuri de alimente de mică valoare. Mulți evrei au fost nevoiți să își vândă hainele sau bijuteriile pentru a supraviețui foamei.
Datele istorice indică o pierdere masivă de vieți omenești în acest proces de exterminare. Din aproximativ 200.000 de evrei deportați, un document al M.A.I. din octombrie 1943 a indicat faptul că doar 78.000 mai trăiau în Transnistria. Aceasta înseamnă că peste 122.000 de persoane, practic mai mult de jumătate din total, au pierit în decurs de doar doi ani. Tragedia a marcat profund istoria comunităților evreiești din România și regiunile ocupate.